현행 모태펀드는 모태펀드 출자 시 정부가 출자분야와 조건을 정하여 획일적인 탑다운(top-down) 방식으로 민간자금을 모집하고 펀드를 결성한다. 

진행방식은 주요 출자조건을 명시·공고하고 민간 운용사의 출자사업 신청을 받는다. 이어서 심사·선정하고 민간 투자자를 결성하는 순으로 진행한다. 

여기서 출자조건은 주목적 투자대상 분야 및 의무투자비율, 관리보수 및 성과보수, 출자금 납입방식, 펀드구조 및 존속기간, 기준수익률 등 전반적 사항을 의미한다. 

이러한 방식은 출자조건을 모태펀드가 사전에 정하여 공고하므로 운용사가 투자조건․방식을 적극적으로 제안하기 어려운 구조이다. 

운용사 보수체계(관리보수 및 성과보수) 역시 일률적으로 규정·지급되어 민간 VC가 적극적인 투자보다는 관리보수로 연명한다는 비판이 제기돼왔다. 

현행 모태펀드 보수체계를 살펴보면 우선 관리보수는 투자실적과 무관하게 결성액의 일정비율을 지급해왔다.  펀드규모에 따라 2.1~2.5% 이내(300억원 이하 2.5%, 600억원 초과 2.1% 정도이다. 

성과보수는 기준수익률을 초과하는 수익의 일정비율을 민간 운용사에 지급해왔다. 기준수익률(일반펀드 3~7%, 정책목적성 펀드 0%) 초과 수익의 20% 이내이다. 

이러한 관리체계는 정기적으로 신청·접수를 받기 때문에 민간 출자자와 운용사가 수시로 펀드를 결성하고 적기에 투자를 하는데 애로사항이 많았다. 

가령 모 VC의 경우, 투자처를 발굴하고 민간출자자와 펀드결성을 협의 완료하였으나, 벤처투자조합 결성 시 모태펀드 의무출자 규정으로 인해 모태펀드 출자 신청·심사 절차에 2개월 이상이 소요, 그동안 유망 창업기업은 타 투자자와 투자계약을 체결하여 투자가 불발되는 경우도 있었다.