민간주도형 벤처생태계 혁신대책에서 모태펀드는 시장친화적 운용이 기본이다. 민간의 자율성을 확대하고 지분의 점진적 이양도 담고 있다. 

즉 정부는 시장 조성자 역할만하고 민간 자율성은 확대하여 민간이 제안하고 결성한 펀드에 모태펀드의 후행 출자 방식을 도입했다. 

민간이 투자분야를 자유롭게 제안하고 정책목적에 부합할 경우, 모태펀드가 출자(매칭 40%, 선·후 출자 모두가능)하는 민간제안 펀드가 도입된다. 

가령 해외자본을 유치하는 국내펀드, 지자체가 출자하는 지방투자펀드, 보통주 중심의 투자 펀드, 일자리 창출 계획을 제안하는 펀드 등이 민간펀드의 종류가 될 수 있다. 

모 벤처캐피탈은 사회적 가치를 추구하며 성장하는 소셜벤처에 투자하기 위해 임팩트투자 전문인력을 확보하고 임팩트 투자펀드 조성을 추진했으나, 2017년 해당 분야에 대한 모태펀드 출자사업이 없어 청년창업 분야로 전환하여 신청했다.

또한, 출자자 모집을 완료하였거나, 이미 결성되었더라도 정책목적에 부합하는 민간투자조합의 경우 모태펀드가 후행 출자한다. 

여성펀드, 소셜임팩트펀드 등 정부가 투자분야를 특정한 경우에는 출자비율을 40% 이상으로 하고, 민간이 투자분야를 제안하는 경우는 40% 이내 출자한다.

아울러 민간이 설계하는 맞춤형 보수체계가 도입된다. 일률적 보수체계에서 벗어나 민간 VC의 자율적 관리․성과 보수 설계를 허용하여 모험적 투자 확대 및 성과중심 펀드 운용을 유도하는 것이다. 

아래 표는 맞춤형 보수체계 적용안이다. 

또한 모태펀드의 우선손실충당을 확대하여 손실에 대한 부담이 큰 연기금 등 기관 투자자의 펀드 출자를 확대 유도한다. 

우선손실충당은  펀드가 손실이 났을 경우, 모태펀드가 일정비율의 손실을 먼저 떠안는 제도로, 우선손실충당을 확대하는 대신 초과 수익의 일정부분은 모태펀드가 우선 수령하는 것을 말한다. 가령 기관투자자 A는 손실 발생을 우려하여 1,500억원 출자의 조건으로 모태펀드의 우선적 손실충당을 요구할 수 있다. 

이와더불어 민간펀드의 수익 확대와 함께 모태펀드 지분의 점진적 이양한다. 민간 출자자에게 수익성 있는 모태지분을 이양하는 콜옵션을 확대하여 민간자금 유입 촉진하는 것이다. 

또한 민간자금 모집과 수익성 확보가 어려운 정책목적성 펀드는 콜옵션을 최대 50%까지 확대하여 성과에 대한 보상을 부여한다. 

현재 청년창업, 재기지원, 지방펀드에 한해 20% 이내로 콜옵션 부여하지만 창업초기, 임팩트 등 정책성 펀드는 50%까지 확대, 이외 펀드는 20% 이내 적용하기로 했다. 민간 출자자의 콜옵션 행사 추이를 보아가며, 콜옵션의 점진적 확대를 추진하여 모태펀드 지분을 민간 출자자에게 매각할 수 있다.